Longest ORF

ステップのひとつにDNA配列中のLongest ORFを見つける処理があったのですが、これに思っていたよりも手こずりました。はじめにおおまかな処理の流れを決めてから書きはじめたのですが、なかなか思うように動きません。一度完成したと思っても、実際のデータを処理しているうちに、期待した結果と違う出力をしていることに気付きます。何度も書き直してやっと期待どおりの結果が得られるようになりました。とてもよい勉強になりました。今回は、フレームに関係なく全ての開始コドンに対してORFとして対応する終止コドンを見つけるという処理を行いました。フレーム毎に処理する方法も試してみたいと思います。こちらの方が少し速く動くと予想しているのですが。